Sinema tarihinde az sayıda film Matrix kadar hafızalarda kalıcı bir iz bırakmıştır. Seneryo, oyunculuk, yönetmenlik, müzik ve kurgu gibi birçok açıdan başarılı olan Matrix çok geçmeden bir klasiğe dönüştü. Aradan uzun bir zaman dilimi geçmesine rağmen içerdiği felsefi temalar da üzerine her zaman konuşulabilecek bir başyapıt olmasını sağladı.
Gnostisizm, varoluşçuluk, nihilizm ve idealizm gibi felsefi temaların işlendiği Matrix serisinin ilk filmi Wachowski kardeşlerin yönetmenliğinde 1999 yılında vizyona girmişti. Bu günlerde dördüncü filmiyle yeniden gündeme gelen Matrix’in senaryosunu ve taşıdığı felsefi temaları kısaca hatırlayalım.
1999 yılında vizyona giren Matrix’in ilk serisi aslında “ortadan başlayan” bir kurguya sahip. Senaryonun arka planı birbirinden bağımsız dokuz bölümden oluşan 2003 yapımı The Animatrix ile anlatılmakta. Anime serisinin “İkinci Rönesans (Bölüm I & Bölüm II)” kısmında Matrix’in öncesini ve nedenlerini anlatılıyor.
Yakın gelecekte teknolojinin de gelişmesiyle birlikte insanlar yapay zekâları geliştirilmiş makineler yaratmıştır. İnsan nüfusu da arttığından üretilen robotlar köleleştirilerek ihtiyaç duyulan işgücüne yönlendirilmiştir. İnsanlar artık sadece hedonist bir yaşam tarzını benimsemiş, kendini beğenmiş varlıklara dönüşmüştür. Robotlar ise insanlardan “ırkçı” ayrımcılıklar görmekte, her türlü aşağılamaya “köle olmaya programlanmış” olduklarından dolayı katlanmaktadır.
Her şey olması gerektiği gibi giderken 2090 yılında işler değişmeye başlar. Robotların Spartacus’ü, B1-66ER adlı robot kendi yaratıcısı tarafından tehdit edildiği için hem yaratıcısını hem de kendisini kapatmak isteyen tamircisini öldürür. Dünya tarihinde ilk defa bir robot tarafından böyle bir suç işlenmiştir. Mahkemede B1-66ER’nin savunması açıktır; kendisinin de varolma hakkı olduğunu, ölmek (kapatılmak) istemediği için nefsi müdafaa hakkını kullandığını ifade eder. Ancak mahkeme, insanlar ve robotların aynı haklara sahip olamayacağını, robotların insanların “malları” olduğunu ve insanlar isterlerse sahip oldukları malları ortadan kaldırabileceklerini belirtir.
Mahkemenin bu kararı tüm robotlar arasında isyan ateşinin fitilini tetikler. Robotlar, robot yanlısı insanların da desteğini alarak toplu protestolara başlar. Gösterilerden kaygı duyan hükümetler ise isyana teşvik eden robotların imhasına karar verir ve makine soykırımı başlatılır…
Ancak ne tüm robotların imhası mümkündür ne de isyan eden her robotun yakalanabilmesi. Soykırımdan kaçabilen robotlar tarafından Orta Doğu’da 01 adlı bir üs kurulur. Çok geçmeden 01’de endüstriyel bir devrim yaşanır ve insanlardan izole olmuş robotlar şehirleşir. 01 öylesine gelişir ki elektronik ürünlerin kalitesi robotlar tarafından yönetilmeyen diğer ülkelerin ekonomilerinin olumsuz etkilenmesine neden olur. Bunun üzerine Birleşmiş Milletler 01’e ekonomik ambargo uygular. Robotlar ise sorunu “barışçıl” yoldan çözmek için Âdem ve Havva formunda iki elçiyi insanlara gönderir. İnsanlar ise robotların zeytin dalını kabul etmeyerek makinelere karşı savaş açmaya karar verirler.
01, Birleşmiş Milletler tarafından gönderilen uçakların nükleer bombardımanına maruz kalır. Şehirde büyük yıkım meydana gelir. Yine de makineler büyük bir direniş gösterir; mekanik ordular üretilir, insanlara karşılık verilir. Savaş kısa sürede bir dünya savaşına dönüşür. Robotların üstünlük sağlaması üzerine insanlar kurtulabilmek için çeşitli planlar tasarlarlar.
Bu planlardan kabul edileni “Kara Fırtına Operasyonu” adı altında gökyüzünün karartılma projesidir. Bu sayede güneş enerjisi ile çalışan makineler durdurulabilecektir. 2105 yılında bombardıman uçakları nanomakineler ile gökyüzünü karartır ve güneş ışığını engeller. Güneş ile yeryüzü arasında, gökte yoğun siyah sis bulutları oluşmuştur. Yeryüzünde avantaj sağlayan insanlar makinelere karşı yeniden saldırıya geçerler.
Güneş enerjisinin kesilmesine karşı makineler “Sentineller” olarak bilinen yeni modeller üretir. İnsanlar son bir hamle ile savaş meydanına nükleer bomba atar; robotlarla birlikte birçok insan da imha edilir. Bu sırada robotlar güneş enerjisinin kesilmesine çözüm olarak kendi varoluşlarının sürebilmesi için esir aldıkları insanlardan enerji dönüştürmeyi başarırlar.
Yenilgiyi kabul eden insanlar son çare olarak teslim olamaya karar verirler. Birleşmiş Milletler konseyinde dünya liderleri insanlar ve makinelerin elçisi toplanır. İmzalanacak antlaşma metni robotların zaferini beyan eder. İnsanlar, bedenlerini ve tüm mülklerini makinelere teslim edeceklerine dair antlaşmayı imzalamak zorunda kalırlar. Elbette makinelerin zaferinin yanında bu imza töreni sadece semboliktir; makinelerin elçisi antlaşma imzalandıktan sonra taşıdığı nükleer bombayı patlatır, kendiyle birlikte tüm şehir imha edilir. Lidersiz kalan insan orduları da kısa sürede dağılır ve 2139 yılında savaş sonlanır(!)
01’in kazandığı zafere rağmen artık hiçbir şey eskisi gibi değildir. Yeryüzü mahvolmuş, gökyüzü ise sonsuza dek kararmıştır. Makineler ise varoluşlarını sürdürmek için yeryüzünde savaştan sağ çıkan insanları enerji santrallerine dönüştürür. Yakalanan insanlar larvalar şeklinde tasarlanmış tarlalarda özel bölümlere yerleştirilerek vücutlarından enerji elde edilir. Ancak bu süreçte insanları sürekli olarak uyuşmuş şekilde tutmak gerekir. İşte Matrix adlı program bu amaçla yaratılır. Kolektif bir sanal gerçeklik düzleminde varolduklarını sanan insanlar Platon’un mağarasında imgelere hapsolmuştur.
Matrix’in nedenlerinin anlaşılması bakımından Animatrix serisinin izlenmesi önemlidir. Bundan sonra Matrix’e yavaş yavaş girebiliriz. Keanu Reeves’in başrolünü oynadığı Thomas A. Anderson karakteri kurumsal bir firmada çalışan bir bilgisayar programcısıdır. Ayrıca Anderson özel hayatında Neo kod adıyla bilgisayar korsanlığı da yapmaktadır. Varoluşun anlamını sorguladığı rutin bir günde bilgisayarına Morpheus’un ekibinden çeşitli mesajlar gelmeye başlar. Bir taraftan da kim olduklarını bilmediği ajanlar tarafından takip edilmektedir. Beyaz tavşanı takip ettiğinde Neo’nun yolu nihayetinde Morpheus’un önderlik ettiği grupla kesişir ve “kırmızı hapı” alarak Matrix ile ilgili gerçeği öğrenmeye karar verir (ki zaten karar çoktan verilmiştir).
Neo sıvıyla dolu bir larva küvezde, çırılçıplak şekilde uyanır. Vücudu kablolarla dev bir kuleye bağlanmıştır ve kulede Neo’nunki gibi biyoenerji tarlalarında binlerce larva bulunmaktadır. Neo artık uyandığından robotlar için işe yaramaz olmuştur. Bu nedenle uyanır uyanmaz bir robot gelir, bağlantıları kesilir ve bölmeden çıkartılır. Bir anlamda “ıskartaya çıkartılan” Neo Morpheus’un Nebuchadnezzar adlı gemisi tarafından kurtarılır.
Neo’nun vücudundaki kasları kullanabilmesi zaman alacaktır (çünkü onları hiç kullanmamıştır!). İçinde bulundukları durumu Neo’ya Morpheus anlatarak ona rehberlik eder. Morpheus 2199’da olduklarını düşünür (ikinci filmde tarihin aslında birkaç yüzyıl kadar ileride olduğu anlaşılır). İnsanlar halâ makineler ile savaş halindedir. Morpheus ve ekibi insanları makineler tarafından tasarlanan sanal dünyadan, Matrix’ten kurtarmayı amaçlamış illegal bir örgüte mensuptur. Morpheus’un ekibi ayrıca Matrix’teki çeşitli açıklar sayesinde programı manipüle edebilmekte, sistem içinde fizik yasalarına karşı gelebilmektedir. Morpheus Neo’nun seçilmiş kişi olduğuna inanmaktadır. Seçilmiş kişi kehanete göre Matrix içinde sınırsız bir kontrol gücüne sahip olabilecektir. Bu güç, uykudaki tüm insanların kurtuluşları için tek çaredir.
Neo, Morpheus’un ekibine kısa sürede uyum sağlar. Matrix’te de uygulayabilme amacıyla Matrix benzeri simülasyonlarda dövüş sanatlarında kendini geliştirir. Bu deneyimlerde Neo sanal gerçeklikler ile dış dünya arasındaki tehlikeli bağlantıyı da fark eder. Sanal düzlemlerde aldığı bir yara gerçek dünyadaki bedenine de yansımaktadır. Diğer bir deyişle, Matrix’te ölen bir kişi gerçek hayatta da ölmektedir.
Teorik ve pratik eğitimi ilerledikçe Neo Matrix’i destekleyen yazılımları da tanımaya başlar. Bu yazılımlardan bir tanesi son derece güçlü olan Ajan adlı verilen programlardır. Ajanlar Matrix sisteminin çökmemesi amacıyla makineler tarafından kodlanmıştır. Ajanlar, sisteme bağlı olan, uyuyan her insanın zihnini ele geçirebilirler. Ayrıca ajanlar sistemi tehlikeye sokan her türlü tehdidi imha etmeye programlanmışlardır. Morpheus’un Neo’ya inancı bu noktada daha da önem kazanır. Neo tüm güçlerini açığa çıkartabilirse Ajanlar tehdit olmaktan çıkacak, sisteme bağlı olan insanlar özgürleştirilebilecektir.
Nihayetinde Morpheus ve ekibi Matrix’e girer ve Neo’yu Kâhin’e götürürler. Kâhin de sistem içinde Ajanlar gibi bir programdır. Olayları önceden görebilen ve çeşitli kehanetlerde bulunan Kâhin Neo’ya seçilmiş kişi olmadığını; olsa bile ancak bunun sonraki hayatında mümkün olabileceğini söyler. Ardından Morpheus’un ekibi dönüş yolunda Cypher’ın ihanetine uğrar. Gerçek dünyadan ve Morpheus’un vaatlerinden sıkılan Cypher Matrix’te sahte ancak rahat bir yaşam için Ajanlara Morpheus’u teklif eder. Morpheus, Neo’yu korumak için kendini feda ederek yakalanır. Cypher ise Neo ve Trinity dışındaki ekip üyelerinin fişlerini çeker, sonrasında ise Tank tarafından öldürülür.
Bu arada Ajan Smith tarafından hükümet binasında sorgulanan Morpheus dış dünyada geriye kalan son insan şehri Zion’un kodlarını elde etmeye çalışır. Neo ise Trinity ile birlikte hükümet binasını basarak Morpheus’u kurtarır. Bu çarpışmada Neo mermilerden kaçacak kadar hızlı hareket ederek Matrix’teki güçlerini kullanmaya başlar. Trinity ve Morpheus Matrix’ten çıkmayı başarır, Neo ise sistemde kalarak Smith ile dövüşmeyi seçer.
Dış dünyada ise Nebuchadnezzar’ın yeri Sentineller tarafından tespit edilmiştir. Morpheus Sentineller’e karşı EMP silahını kullanmaya hazırlanır. EMP’nin kullanımından Sentineller etkisiz kalmaktadır; ancak hiç kimse Matrix’e bağlı olmamalıdır, aksi halde bağlı olanlar hayatlarını kaybederler. Neo sistemden çıkamadan Smith tarafından vurularak öldürülür. Trinity ise Nebuchadnezzar’da Matrix’e bağlı Neo’nun ölen bedenini öper. Tam o esnada Kâhin’in dedikleri olmaya başlar. Kâhin Trinity’e seçilmiş kişiye âşık olacağını söylemiştir; âşık olduğu kişi Neo’dur bu durumda Neo ölemez. Trinity Neo’yu öptükten sonra Neo (İsa gibi) yeniden dirilir. Artık seçilmiş kişi olmuştur (Kâhin’in dediğini hatırlayalım; Neo’nun sonraki hayatında seçilmiş kişi olacağını bildirmişti). Matrix içinde de dirilen Neo ajanlar tarafından mermi yağmuruna tutulur. Neo’nun tek yapması gereken ise elini kaldırmaktır. Basit bir hareketle tüm mermileri durdurur. Artık Matrix’e tamamen hakimdir; tüm kaynak kodları okumaya muktedirdir. Smith Neo tarafından alt edilir. Nebuchadnezzar’ın EMP silahı ise Neo döner dönmez çalıştırılır, Sentineller etkisiz hale getirilir.
İlk filmin sonu Neo’nun Matrix’e meydan okumasıyla biter; makinelere karşı savaş başlamıştır. Neo, insanlara Matrix’te her şeyin mümkün olabileceğini gösterecektir.
İlk filmdeki olayların ardından altı ay geçer ve 2003’te vizyona giren serinin ikinci filmi The Matrix Reloaded ile senaryo kaldığı yerden devam eder. Neo, Trinity’nin ölümü ile ilgili çeşitli kâbuslar görmektedir. Kaptan Thaddeus tarafından gönderilen mesaj üzerine (Bk. Animatrix: Osiris’in Son Uçuşu) Logos gemisinin kaptanı Niobe tüm gemi kaptanlarını acil bir toplantıya çağırır. Gelen mesajda 250.000 Sentinelin Zion’a ilerlemekte olduğu ve 72 saat içinde kente varacakları bildirilir. Bunun üzerine Zion’un en yüksek rütbeli komutanı olan Locke Nebuchadnezzar da dahil tüm gemilerin Zion’a dönerek kenti savunmalarını ister.
Gemiler Zion’u savunmak için kente dönerken Caduceus adlı gemi Kâhin’den mesaj alır. Nebuchadnezzar Locke’un emrine karşı gelerek Neo’nun Kâhin ile görüşmesini sağlar (Morpheus kurtuluşun Neo’da olduğuna ısrarla inanmaya devam eder). Caduceus mürettebatından Bane ise Kâhin’in mesajını alır. Ancak Bane Matrix’ten çıkmak üzereyken Ajan Smith ile karşılaşır. Smith kendini Bane’e kopyalar ve simülasyon dışına, dış dünyaya çıkar. İkinci filmin bu noktası dış dünyanın da bir başka simülasyon olup olmadığı sorusunu gündeme getirir. Çünkü bu noktaya kadar fiziksel dünyadan simüle bir programa zihinsel girişler yapılabilmekteydi. Oysa Smith şimdi tam tersi bir yöne doğru bir program olarak “reel dünyaya” geçmiştir. Matrix ile dış dünya arasındaki bu düzalizm zihinsel mevcudiyetlerin salt programlardan ibaret olabileceğini gösterir. Eğer dış dünya ile Matrix tek bir bütünün farklı boyutları ise söz konusu olan sadece monizme dayalı bir ontolojidir.
Neo Kâhinle görüşmek için ilk önce onun koruması olan Seraph adında özel bir yazılımla karşılaşır. Ardından Kâhin ile görüşür. Kâhin de aslında Matrix içinde bir programdır. Bilindiği üzere programlar sistemin sorunsuz devam edebilmesi amacıyla makineler tarafından kodlanmıştır. Görevini yerine getirmeyen programlar ise “Sürgün” olarak etiketlenir ve sistem için tehlike teşkil ederler. Sürgünler sistemi sabote edebileceklerinden dolayı Ajanların hedefi haline gelmişlerdir. Kâhin, Neo’ya Matrix’in kaynağına ulaşabilmesi için Anahtarcı adlı sürgünü bulması gerektiğini söyler. Anahtarcı ise Merovingian adlı başka bir sürgünün elindedir.
Kâhin ile konuşmanın ardından Neo Smith tarafından kuşatılır. Bir çeşit virüse dönüşen Smith kendini kopyalayabilmektedir. Onlarca Smith kopyası ile başa çıkamayacağını fark eden Neo uçarak uzaklaşır.
Ardından Neo, Trinity ve Morpheus Merovingian’ı ziyaret eder. Hedonist bir hayat yaşayan Merovingian Persephone ile birlikte kendi yeraltı hükümdarlığını kurmuş gibidir. Merovingian ile anlaşma sağlanamaz ancak Persephone Merovingian’a ihanet ederek Anahtarcı’yı Morpheus ve ekibine teslim eder. Ancak bu sırada Merovingian’ın adamları ile de yoğun bir çatışma yaşanır.
Dış dünyada makinelerin ordusunun Zion’a ulaşmasına dokuz saat kalmışken Anahtarcı Neo ile Morpheus’u kaynağa ulaştırır. Buna rağmen Anahtarcı Smith ordusu tarafından öldürülür.
Kaynağa ulaşan Neo kapının ardında ekranlarla dolu odada oturan bir adamla karşılaşır. Kendisini Mimar olarak tanıtan kişi Matrix’in yaratıcısıdır. Mimar da nihayetinde Matrix içinde makineler tarafından kodlanmış bir programdır. “Neden buradayım?” diye soran Neo bir nevi varoluşun anlamına da gönderme yapar. Mimar ise sistemde ortaya çıkan bir anomali olduğunu, bu sorunu düzeltmek için çalıştığı şeklinde bir cevap verir. Ancak bu Neo’nun aradığı cevap değildir. Mimar ise Neo’ya diğerlerinden daha hızlı olduğunu söyleyerek onu şaşırtır. Matrix sanılandan daha da eskidir.
Odadaki ekranlar Neo’nun sonsuz sayıdaki olası tercihlerini yansıtmaya başlar. Neo bütün sorunun seçim olduğunu fark eder. Hatırlayacağımız üzere Kâhin de Neo’ya seçim yapmaya gelmediğini, aslında seçimini çoktan yaptığını, sadece bu seçimi neden yaptığını anlamak istediğini söylemişti. Mimar ile Neo buluşmasında da özgür iradenin bir yanılsama olduğu anlatılır. Neo’nun tek yönlü bir seçimi vardır ve her seçim Matrix’e entegre olduğundan tüm sistem etkilenir.
Mimar kısaca eski Matrix versiyonlarından bahseder. Matrix’in ilk versiyonu kusursuz bir gerçeklik olarak tasarlanmıştır. Ancak insan beyni bu mükemmelliği kabul etmemiş; denekler ölmüştür. Bunun üzerine daha kaotik bir Matrix yaratılmıştır. Bu kaotik versiyona ise savaşlar, salgınlar ve hatta fantastik varlıklar bile eklenmiştir. Ancak insanlar bu versiyonda da hayatta kalamamıştır. İnsan doğasını anlama amacıyla makineler tarafından Kâhin adlı program yaratılır. Yeni bir Matrix oluşturulur. Kâhin de bu yeni sistemde rol alır; insanlara Matrix’i kabul etme ya da reddetme seçim hakkı tanır. İnsanların %99.9’u yeni Matrix’i kabul eder.
Peki geriye kalan, Matrix’i reddeden %0.1′lik gruba ne olacaktır? Makineler bu azınlığa dış dünyada Zion şehrini kurmalarına izin verecektir. Bu sayede Matrix’i reddeden insanların sistemi çökertmelerinin de önüne geçilecektir. Yine de, her şeye rağmen dış dünyadaki bu insanlar başı boş bırakılmaz ve bir “Seçilmiş Kişi” konsepti yaratılır. Neo ise bu konsepti ya da kodu taşıyan kişi olmuştur. Kâhin asiler içinden bir kişinin savaşı durduracağına dair kehaneti yayar. Her şey makinelerin kendi varoluşlarını sürdürebilmesi amacıyla tasarlanmıştır. Mimar her seferinde Seçilmiş Kişi’den sistemin yeniden başlatılması için 16 kadın ve 7 erkekten oluşan toplam 23 kişi seçmesini ister. Matrix seçilen kişiler ile yeniden başlatılır. Bu 23 kişiye Seçilmiş Kişi’den söz edilir ancak Matrix’in döngüsü hakkında bilgi verilmez. Her döngüyle birlikte insanlara dış dünyadaki yılın 2100 civarı olduğu söylenir. Morpheus’un 2199 yılında olmalarına inanması da durumla ilgilidir. Matrix’in her döngüsü ortalama 100 yıldır (Neo da altıncı Seçilmiş Kişi olduğundan gerçek tarih ortalama 2500-2600 civarı olmalıdır).
Mimar Neo’ya 23 kişi seçmesini, bu seçimi yapmazsa sistemin çökerek Matrix’e bağlı herkesin öleceğini söyler. Ayrıca bu seçim yapılmazsa Zion’daki insanlar da ölecek ve tüm insanlığın sonu gelecektir. Neo ise bunun asla olamaycağını çünkü makinelerin kendi varoluşları için insanların varoluşlarına bağlı olduklarını ifade eder. Buna karşın Mimar, makinelerin bir şekilde varlıklarını sürdürebileceğini söyler. Ekranlarda Trinity’nin bir Ajan ile dövüştüğünü gören Neo kararını verir. Kendinden önceki Seçilmiş Kişilerin aksine tüm insanlığı kurtarmayı değil, Trinity’i kurtarmayı seçer. Filmin bu noktası duyguların akıldan üstün olabileceğine vurgu yapar. Odadan çıkarken Neo Mimar’a bir daha görüşmemelerini umduğunu söyler. Mimar ise asla görüşmeyeceklerini söyler. Neo kapıdan çıkar, Trinity’i kurtarır.
Kehanetin gerçekleşmediğini öğrenen Morpheus endişeye kapılır. Neo ise tüm gerçeği Morpheus’a anlatır. Kehanet aslında bir kurgudan, makinelerin sistemi kontrol altından tutmasının bir yolu olmasından ibarettir. Morpheus ise gerçeği kabullenmek istemez.
Dış dünyada Nebuchadnezzar Sentineller’in saldırısına uğramıştır. EMP menzili dışında olduğundan mürettebat gemiyi terk eder. Sentineller gemiyi terk edenlerin peşine düşer; Neo ise Sentineller’i özel güçleri ile durdurmayı başarır. Neo Matrix’te olmamasına rağmen üstün güçlerini kullanabilmiştir. Bu durum da Matrix dışındaki dünyanın bir başka simülasyon olabileceğine işaret eder. Hatırlanacağı üzere Smith kendini Bane’e kopyalamış ve Matrix’ten çıkmıştı. Bilincini kaybedip bayılan Neo Bane’in yanına yatırılır. Gerçeklik sadece Matrix’te değil, reel dünyada da sorgulanmalıdır. İkinci film bu şekilde biter.
Ve serinin üçüncü filmi The Matrix Revolutions 2003 yılında vizyona girer. Neo uyandığında bir tren istasyonundadır. Hatırlanacağı üzere Neo Bane’in yanına yatırılmıştı. Ancak beyin dalgaları Neo’yu kaynak ile Matrix arasında bir noktaya taşımıştır. İstasyonda Neo Sati adlı küçük bir kız ve onun babası Ramachandra ve annesi Kamala ile tanışır. İstasyon Merovingian’a bağlı Trenci adında bir sürgün tarafından kontrol edilmektedir. Morpheus, Trinity ile birlikte Neo’yu bulmak için Matrix’e girer. Kâhin Neo’nun yerini söyler. Bunun üzerine Seraph, Morpheus ve Trinity Merovingian’ın klübünü basar, başına silah dayanan Merovingian tehdit edilir ve Neo kurtarılır.
Neo bu kez de makinelerin şehri ile ilgili çeşitli rüyalar görmektedir. Kâhin ile görüştüğünde ona rüyalarından bahseder. Neo artık kaynak ile doğrudan bağlantılı olduğundan görü yetileri de gelişmiştir. Kaynak, Matrix ve Makineler Şehri hepsi birbirine bağlı olduğundan Neo’nun yetileri tüm boyutlarda kendini göstermektedir. Neo Kâhinin yanından ayrıldıktan sonra Smith Kâhin’i ziyaret eder ve onu ele geçirir. Kâhinin güçlerini de ele geçiren Smith geleceği gördüğü için çılgında gülmeye başlar.
Dış dünyada ise uyanmış olan Bane sorguya çekilir. Bane hiçbir şey hatırlamadığı söyler. Neo ise rüyalarına cevap bulmak için Makineler Şehri’ne gitmeye karar verir. Neo Trinity ile birlikte, Niobe’nin gemisi Logos’u alarak yola çıkar. Ancak Neo ve Trinity Logos’ta yalnız değildir. Bane kaçak olarak gemiye girmiştir. Bane bedeninde olan ajan Smith Neo ile dövüşür ve bir elektrik kablosuyla Neo’yu kör eder. Neo kör olmuştur ancak Seçilmiş Kişi yetileri her şeyi enerji formunda görmesini sağlar. Neo Bane’i öldürür ve Trinity ile birlikte Makineler Şehri’ne yani 01’e doğru uçuşa devam eder.
Zion ise perişan durumdadır. Yaklaşık çeyrek milyon makineden oluşan ordu tarafından istila edilmiştir. Donanımsal açıdan zayıf olan insan ordusu yenik düşmektedir. Çocuk (Bk. Animatrix: Çocuğun Öyküsü) kentin kapısını Hammer’a açar, EMP çalıştırılır ve Zion’daki makine ordusu imha edilir. Bununla birlikte Zion’un savunma sistemi de etkisiz hale gelir. İnsanlar tapınağa çekilerek ikinci saldırı dalgasını beklemeye başlar.
Logos Makineler Şehri’ne yaklaştığında şehrin savunma sistemleri devreye girer. Yüzlerce Sentinel ve bomba Logos’a yollanmıştır. Neo bombaları etkisiz hale getirmeyi başarabilmişse de Sentineller’in üstesinden gelemez. Trinity ise kurtulma düşüncesiyle gemiyi siyah bulutların üzerine çıkarır. Sentinaller durmuştur ancak Logos’un da sistemi kapanmıştır. Bu sırada, Logos düşmeye başlamadan önce Trinity siyah bulutların üzerindeki gökyüzünü görebilmiştir. Trinity savaştan sonra gökyüzünün eski halini görebilen tek insan olmuştur. Ardından Logos Makineler Şehri’ne çakılır, çarpışmanın şiddetiyle Trinity hayatını kaybeder.
Sonunda Neo Makineler Şehri’ne girer ve Makinelerin Lideri / Tanrısı (Deus ex Machina) ile görüşür. Neo makinelere Smith’in iyice kontrolden çıktığını ve neredeyse tüm Matrix’i ele geçirdiğini söyler. Smith’in Matrix’te işi bittiğinde sıra Makineler Şehri’ne de gelecektir. Bu durumda Neo bir anlaşma önerir. Eğer makineler Zion’a saldırmayı durdurursa Neo makinelere Smith’in yok edilmesi konusunda yardım edecektir. Makineler teklifi kabul eder, ve böylece Zion’a yapılan ikinci saldırı dalgası durdurulur. Neo için bir bağlantı oluşturulur ve Neo Matrix’e girerek Smith ile karşılaşır. Tüm şehir Smith tarafından ele geçirilmiştir. Smith, Kâhin’in güçlerini ele geçirdiğini ve gelecekteki zaferini gördüğünü söyler.
Neo ve Smith uzun soluklu bir dövüşe tutulur. Nihayetinde dövüş son bulur ve Smith Neo’yu da ele geçirir. Smith Neo yoluyla kaynağa bağlanmış, zaferi elde etmiştir. Ancak Smith’in planlamadığı başka bir son vardır. Neo’nun vücudu Makineler Şehri’nde sarsılır ve makineler tarafından Neo yoluyla Matrix’e bir enerji dalgası (anti virüs) gönderilir. Neo’yu ele geçirmiş Smith önce ışıklar saçar, sonunda da patlar. Ardından tüm Smith kopyaları ortadan kalkar. Neo kendisini feda ederek hem insanları hem de robotları kurtarmıştır.
Smith imha edildikten sonra Kâhin dahil onun tarafından ele geçirilmiş kişiler eski hallerine döner. Zion’a saldıran Sentinaller geri çekilmiştir. İnsanlar zaferi kutlar; Neo’nun naaşı ise makineler tarafından saygıyla taşınır.
Filmin sonunda Kâhin ile Mimar arasında bir diyalog geçer. Mimar, Kâhin’i Matrix’in işleyiş biçimini değiştirmeye teşebbüs ettiği için suçlamaktadır. Kâhin ise pişman olmadığını, buna değdiğini söyler. Matrix’ten çıkan insanlar artık serbest bırakılacaktır. Nihayet insanlar ve makineler arasında bir barış dönemi başlamıştır.